C'est un grand bureau qui communique avec la salle d'opération par une courte passerelle et qui a vue sur la salle d'embarquement. Il est utilisé par le personnel comme salle de réunion pour les petites assemblées ou réunions officieuses, le plus souvent entre les officiers supérieurs d'Atlantis.

La salle de contrôle est la pièce principale d'Atlantis et est située au deuxième niveau de la salle d'embarquement. C'est là que se trouvent tous les appareils et les panneaux de commandes qui font fonctionner la cité, comme le DHD, le seul de la galaxie de Pégase qui puisse se connecter à la Terre grâce à un cristal de contrôle spécial. Elle contient aussi la commande du bouclier de la porte, le système de communication interne et externe, les systèmes énergétiques, les senseurs internes et longue-portée, et enfin l'accès à la base de données des Anciens.

La salle d'embarquement d'Atlantis est une grande salle à deux niveaux située en haut de la tour centrale, juste sous la baie des jumpers, et qui abrite la porte des étoiles. Celle-ci est installée sur une large plate-forme qui peut accueillir plusieurs personnes et qui cache une console permettant à une personne ayant les connaissances nécessaires de prendre le contrôle de la cité.

Les bureaux du Haut Commandement d'Atlantis.